El colegio San Antonio es el resultado de la fusión de dos centros escolares: por un lado, San Antonio de las Hnas. Clarisas, y Santa Rita de las Hnas. Agustinas por otro. En esta trayectoria de siglo y medio, ha pasado de ser un internado para chicas a convertirse en un colegio mixto. Fue en 1867 cuando las clarisas crearon un internado para la educación de las jóvenes, el primer colegio de este tipo en todo Bizkaia.

En 1993, se abrió la primera guardería en Durango para atender a niños y niñas a partir de 0 años, siempre con el ánimo de satisfacer las necesidades de la sociedad duranguesa y adaptándose a los tiempos para facilitar la conciliación familiar-laboral.

Además de continuar con la educación en valores que desde un inicio se impulsaron en el colegio, se apostó por la introducción de nuevos idiomas en la oferta educativa: francés y alemán; de nuevo, se convirtió en el único centro de Durango con dicha oferta.

En 1999, llegaron nuevos retos cuando el profesorado tomó las riendas del colegio y se constituyó la cooperativa de profesores, única en Durango. Esto supuso un desafío importante para el profesorado, que tuvo que compaginar la docencia y la gestión del colegio.

Desde entonces, nosotros, los profesores y profesoras, llevamos la gestión completa del centro. La motivación y la implicación son los principales impulsores  de nuestra cooperativa para poder ofrecer un colegio de calidad.

Nuestra labor principal es la formación integral del alumno; es decir, educar tanto en el ámbito personal como académico, dotándole de recursos y valores que le ayuden a desenvolverse en nuestra sociedad de forma autónoma y responsable. Respondemos a las necesidades educativas de nuestro alumnado y tratamos de dar apoyo según nuestras posibilidades ante los problemas de las familias, estableciendo una estrecha relación casa-colegio desde la guardería hasta la ESO.